Оказывая услуги подпадающие под ЕНВД, мы выставляли счета-фактуры не выделяя НДС, но сотрудники МОРО утверждают, что раз выставили счет-фактуру, то автоматически стали плательщиками НДС.
Согласно п. 2 ст. 346.11 НК РФ, организации, осуществляющие виды деятельности, облагаемые ЕНВД, не являются плательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате при ввозе товаров на таможенную территорию РФ. Таким образом, у таких организаций отсутствует обязанность (не право) по выставлению счетов фактур, регламентированная п. 3 ст. 168 НК РФ. По мнению налоговых органов, выраженному в п. 1.2. Методических рекомендаций по применению главы 21 НК РФ, организации, не являющиеся плательщиками НДС, не выписывают своим покупателям счета-фактуры и осуществляют расчеты с ними без выделения в первичных документах сумм налога.
Однако в Налоговом кодексе РФ подобных запретов нет. Таким образом, на наш взгляд, вы можете выписывать покупателю счет-фактуру с указанием стоимости реализованных товаров, работ, услуг и без выделения суммы налога на добавленную стоимость.
Напомним, что если организация, осуществляя вид деятельности облагаемый ЕНВД, выставит покупателю счет-фактуру и при этом именно выделит в ней НДС, то только при наличии именно этих двух условий у них возникает обязанность по уплате НДС на основании пп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ. При этом сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, определится как сумма, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг). В таком случае налогоплательщик самостоятельно берет на себя обязанность по уплате НДС, о чем он должен уведомить налоговый орган, представив ему в установленный срок декларацию. Ее непредставление влечет ответственность предусмотренную ст. 119 НК РФ. Согласно НК РФ и всех разъяснениях и письмах, как МНС РФ, так и Министерства Финансов РФ, например письмо УМНС России по г. Москве № 24‒11/10465 от 19.02.2004, письмо МНС РФ от 15 сентября 2003 г. № 22‒1‒14/2021-АЖ397 и т.д. А в решении Президиума высшего арбитражного суда Российской Федерации в постановлении от 15 июля 2003 г. № 2011/03 вообще имеется следующий вывод: «...Лица, переведенные на уплату единого налога на вмененный доход в соответствии с Федеральным законом от 31.07.98 № 148-ФЗ „О едином налоге на вмененный доход для определенных видов деятельности“, не являются плательщиками налога на добавленную стоимость. Указанные субъекты выставляют покупателям (заказчикам) счета-фактуры без указания в них сумм налога на добавленную стоимость...».